本社と実際に対策を行う工場は住所が違うが工場の住所で申請すれば良いか。

登記上の本社の所在地で申請してください。

主な対策内容は工場のものとすることで構いませんが、本社におけるリスクや災害が起きた際の本社と工場の連絡体制、役割分担等についても検討してください。